Programowanie klipsem nie jest ani dobrą, ani pewną metodą, ponieważ jest silnie uwarunkowane tym, co jest dołączone do linii zasilania kości BIOS. Jeśli na tej samej linii "wisi" KBC albo mostek, to programowanie klipsem jest często wręcz niemożliwe, ponieważ przy równoczesnym zasileniu KBC czy PCH, układy te najczęściej od razu przejmują kontrolę nad pamięcią BIOS. Najbezpieczniejszą i najpewniejszą metodą pozostaje więc wciąż wylutowywanie kości BIOS z płyty i programowanie jej bezpośrednio w programatorze.
Wspomniany kondensator 30pF na linii MISO służy do odfiltrowania linii danych w przypadku programowania pamięci przez złącze ISP - przy czym chodzi o to, że długie kable od tego złącza do programowanego układu zbierają zakłócenia, które tenże kondensator odfiltrowuje. Jednakże spora część konstrukcji płyt komputerowych utrudnia, lub wręcz uniemożliwia, programowanie kości BIOS w układzie i ten kondensator niczego tutaj nie poprawi ani nie zmieni.
